Šoštarić jeden raz wystąpił w reprezentacji "B" (w roku 1950), zaliczył 18 występów w reprezentacji Jugosławii. W reprezentacji zadebiutował 11 października 1949 przeciwko Rumunii rozgrywanym w ramach Pucharu Bałkańskiego w Tiranie, przegranym przez Jugosławię 1:2. Ostatni, pożegnalny występ w reprezentacji Šoštarić zaliczył 7 września 1950 w meczu przeciwko Finlandii rozgrywanym w Helsinkach przegranym przez Jugosławię 2:3. Franjo Šoštarić wraz z reprezentacją uczestniczył w Igrzyskach Olimpijskich 1948 rozgrywanych w Londynie, gdzie reprezentacja Jugosławii wywalczyła srebrny medal.
1. 11 października 1946, Tirana, Jugosławia – Rumunia 1:2 2. 13 października 1946, Tirana, Jugosławia – Bułgaria 2:1 3. 12 października 1947, Zagrzeb, Jugosławia – Bułgaria 2:1 4. 19 października 1947, Belgrad, Jugosławia – Polska 7:1 5. 27 czerwca 1948, Belgrad, Jugosławia – Albania 0:0 6. 4 lipca 1948, Sofia, Bułgaria – Jugosławia 1:3 7. 31 lipca 1948, Londyn, Jugosławia – Luksemburg 6:1 8. 5 sierpnia 1948, Londyn, Jugosławia – Turcja 3:1 9. 11 sierpnia 1948, Londyn, Wielka Brytania – Jugosławia 1:3 10. 25 sierpnia 1948, Warszawa, Polska – Jugosławia 0:1 11. 19 czerwca 1949, Oslo, Norwegia – Jugosławia 1:3 12. 21 sierpnia 1949, Belgrad, Jugosławia – Izrael 6:0 13. 18 września 1949, Tel Awiw-Jafa, Izrael – Jugosławia 2:5 14.