W 1853 r., krótko po przybyciu komandora Matthew Perry’ego, brat Fukuzawy (głowa rodziny) zlecił mu podróż do Nagasaki, gdzie znajdowała się holenderska faktoria na wyspie Dejima. Nakazał Yukichiemu nauczyć się języka holenderskiego, aby mógł studiować europejskie techniki wojskowe.
Jednakże jego pobyt w Nagasaki był krótkotrwały. Szybko zaczął przyćmiewać swojego gospodarza, Ikiego Okudairę. Okudaira zaplanował pozbyć się Fukuzawy, pisząc fałszywy list o chorobie jego matki. Fukuzawa, odkrywając fałszerstwo, zaplanował podróż do Edo i kontynuację studiów tam, bo wiedział, że prawdopodobnie nie będzie mógł pozostać w rodzinnej domenie – Nakatsu. Jednak po powrocie do Osaki jego brat nakłonił go do pozostania i zapisania się do szkoły o nazwie TekijukuSzkoła ta była zalążkiem Osaka University i Uniwersytetu Keiō. w Senba (Osaka), założonej w 1838 r. i prowadzonej przez Kōana Ogatę, lekarza i znawcę medycyny zachodniej. Fukuzawa uczył się tam przez trzy lata i w pełni opanował język holenderski. W 1858 r. został oficjalnie mianowany na nauczyciela holenderskiego w rodzinnej domenie i został wysłany do Edo, żeby nauczać rodzinnych wasali.