21 listopada 1815 wygłosił w Warszawie przemówienie na cześć cara Aleksandra I, stojąc jako najstarszy na czele reprezentacji biskupów Królestwa Polskiego, przybyłych przed oblicze cara wraz z wysłannikami wszystkich kapituł katedralnych oraz duchowieństwaGazeta Warszawska, 1815, nr 94, s. 1.. Rządy w diecezji objął 1 czerwca 1816. W 1818 był delegatem apostolskim, któremu powierzono zorganizowanie nowego podziału administracyjnego Kościoła w Królestwie Polskim. Przez cara Rosji Aleksandra I został wyznaczony na pierwszego metropolitę warszawskiego (decyzję cara 2 października 1818 zatwierdziła Stolica Apostolska). Rządy w archidiecezji objął 1 stycznia 1819. Otrzymał dla siebie i swoich następców przywilej purpurowych szat biskupich oraz tytuł prymasa Królestwa Polskiego. W marcu 1819 ciężko zachorował.
17 kwietnia 1819 chorego prymasa nakłoniono do podpisania dekretu kasacyjnego (supresyjnego). W dekrecie do likwidacji przeznaczono 25 domów męskich i cztery żeńskie, zaś w trzech żeńskich zarządzono redukcję liczby zakonnic. Dekret był tak sformułowany, że dawał możliwość dokonywania w przyszłości dalszych kasat. Wykonaniem postanowień dekretu i administrowaniem pozyskanymi funduszami miała się zająć Deputacja Spraw Zniesionych Instytutów Duchownych.