W 1793 roku, pracując w Warszawie jako adwokat, był członkiem sprzysiężenia (jakobińskiego skrzydła ruchu) przygotowującego wybuch insurekcji kościuszkowskiejBartłomiej Szyndler, Powstanie kościuszkowskie 1794, Warszawa 1994, s. 32.. Po upadku insurekcji wyemigrował do Belgii, a następnie do Francji.
Po przybyciu do Francji poparł Deputację Polską i był jednym z sygnatariuszy aktu jej zawiązania 22 sierpnia 1795 roku. Potem pełnił funkcję osobistego sekretarza Tadeusza Kościuszki. Razem z nim był współautorem broszury „Czy Polacy wybić się mogą na niepodległość?” . Nakłaniał w niej, zgodnie z myślą Tadeusza Kościuszki, aby Polska podjęła walkę o niepodległość przy użyciu jedynie sił własnego narodu, nie licząc na pomoc innych państw. Z powodu, iż broszura krytykowała ówczesną politykę Republiki Francuskiej, Pawlikowski był inwigilowany przez francuską policjęA. Zahorski, Naczelnik w sukmanie, Kraków 1990, s. 72.. Późniejsze wydania tej broszury miały ogromny wpływ na rozwój ruchu partyzanckiego w XIX wieku.
W roku 1807 przedstawił on Cesarzowi Francuzów Napoleonowi Bonaparte memoriał, w którym chwalił zniesienie niewoli polskich chłopówB. Leśnodorski, Polscy jakobini: Karta z dziejów insurekcji 1794, Warszawa 1960, s. 303..