W 1564 roku sejm formalnie przyłączył do województwa odzyskane przez Koronę w XV w. księstwa zatorskie i oświęcimskie jako powiat śląskiRadosław Truś (2008). Beskid Mały: przewodnik. Oficyna Wydawnicza „Rewasz”. S. 35. ISBN 978-83-89188-77-9.. W roku 1443 biskup krakowski Zbigniew Oleśnicki odkupił od Wacława I księcia cieszyńskiego księstwo siewierskie. Odtąd księstwo to było we władaniu biskupów krakowskich, formalnie włączone do województwa krakowskiego w 1790 roku. Przyłączono wówczas także należące do biskupów od 1391 roku, znajdujące się po drugiej stronie Przemszy, wsie Kosztowy, Imielin i Chełm.
Połowa województwa została utracona na rzecz Monarchii Habsburgów na mocy I rozbioru (Galicja). Ostatecznie zostało zlikwidowane w 1795 roku, gdy podzielono je między Austrię i Prusy. W 1807 roku północna część dawnego województwa krakowskiego została włączona w skład Księstwa Warszawskiego, a południowa pozostała częścią austriackiej Galicji. Wreszcie w 1815 roku obszar województwa krakowskiego podzielono między Austrię (południowa część jako Galicja) a Królestwo Polskie w ramach Imperium Rosyjskiego (północna część).