Po przegranej przez Finlandię wojnie zimowej mnisi z klasztoru obawiając się prześladowań ze strony komunistów, uciekli do Finlandii, zabierając ze sobą wszystkie cenne rzeczy z klasztoru (wraz z dzwonem) i osiedlili się w miejscowości Heinävesi, gdzie założyli monastyr Nowy Wałaam (fiń. Uusi Valamo).
W latach 1940–1988 w klasztorze nie było życia zakonnego, nie licząc krótkotrwałych wizyt zakonników z Nowego Wałaamu w listopadzie 1941 i czerwcu 1944. Budynki klasztorne niszczały, częściowo wykorzystywane dla potrzeb świeckich (szkoła wojskowa, budynki administracyjne sowchozu, ośrodek pobytu weteranów wojennych).
14 grudnia 1989 do przystani na wyspie dobił statek, na pokładzie którego przypłynęło 6 mnichów. Krok po kroku następuje odrodzenie życia zakonnego. Od tej daty zaczyna się nowa historia monastyru.
W 1990 monastyr otrzymał status stauropigialnego i znajduje się w jurysdykcji Patriarchy Moskwy i Wszechrusi. Przełożonym wspólnoty jest od 1993 biskup troicki Pankracy (Żerdiew)Serwis Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego – Uroczystości w monasterze Wałaam [dostęp: 11.07.2015.].
W 2015 w monastyrze przebywało 200 zakonników.