Od 1984 współpracował z Institute for Democracy in Eastern Europe (IDEE) w Nowym Jorku, współredagował pismo instytutu „Uncaptive mind”. Na emigracji wydał kilkanaście książek poświęconych cechom systemu komunistycznego i najnowszej historii Polski, wielokrotnie przedrukowywanych przez wydawnictwa podziemne w Polsce.
W 1992 był dyrektorem Instytutu Politycznego w Warszawie, w latach 1995–1997 pracował w Open Media Research Institute w Pradze. Od 1997 był zatrudniony jako adiunkt w Instytucie Socjologii (Zakład Metodologii Badań Społecznych) Uniwersytetu Warszawskiego.
Zmarł 22 marca 2003 roku, pochowany został na warszawskich Powązkach (kwatera 21-1-11).
W dniu 23 września 2006 r. został pośmiertnie odznaczony przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski – pkt 13..
Życie prywatne Był mężem Ireny Lasoty. Syn Zbigniewa Karpińskiego, starszy brat Wojciecha Karpińskiego oraz Marka Karpińskiego, niegdyś rzecznika Lecha Wałęsy.