W 1919 roku więzienie pozostawało pod zarządem wojskowym. Internowano w nim jeńców wojennych. 30 czerwca tego roku minister spraw wojskowych wyznaczył więzienie jako czasowy, centralny Wojskowy Zakład Karny oraz polecił przenieść do niego wszystkich więźniów wojskowych, skazanych prawomocnymi wyrokami sądów wojskowych na karę więzienia przekraczającą dwa miesiące. Dowództwa okręgów wojskowych w porozumieniu z Dowództwem Zakładu Karnego miały przekazać więźniów w terminie do 1 sierpnia. Dowództwo Okręgu Generalnego Kraków w terminie do 15 lipca miało przenieść z więzienia jeńców wojennych, natomiast Departament Wojskowo-Prawny Ministerstwa Spraw Wojskowych miał opracować tymczasowy regulamin wewnętrzny Wojskowego Zakładu Karnego w Wiśniczu.
Po opanowaniu Polski przez Niemców więzienie zostało wykorzystane jako obóz do czasu założenia obozu w Auschwitz. Kościół został rozebrany, a budulec z niego wywieziony do Krzeszowic.