Następnie Bogda Chan ożenił się z Genepil.
Mimo to autorytet bogdo gegena był wśród Mongołów tak wielki, że gdy po upadku cesarstwa w Chinach w roku 1911 Mongolia ogłosiła niepodległość, 1 grudnia 1911 roku Dżebcundampa Hutagt został obwołany chanem i przyjął tytuł Bogdo Chana.
Po wkroczeniu armii chińskiej do Mongolii 2 grudnia 1919 roku został aresztowany. Uwolniony 3 lutego 1921 roku po wkroczeniu do Mongolii oddziałów barona von Ungern-Sternberga (Ostatniego Wielkiego Chana Mongolii) i ponownie osadzony na tronie (Bogdo Chan był ostatnim Chanem Mongolii, ale nie ostatnim Wielkim, którym był baron Roman von Ungern-Sternberg). Po rozbiciu oddziałów Ungerna przez bolszewików 6 lipca 1921 roku formalnie nadal pozostał głową państwa, usiłując budować teokrację na wzór Tybetu, musiał jednak pójść na kompromis z rewolucjonistami mianując premierem członka Mongolskiej Partii Ludowej. Funkcję głowy państwa pełnił do końca życia, jednak jego uprawnienia były niewielkie i coraz bardziej ograniczane.