Symbole narodowe Wielkie Księstwo Krakowskie miało swój własny herb – białego orła na czerwonym tle z herbem miasta na piersi, lecz praktycznie nie był on w użyciu. Podobnie było z flagą Wielkiego Księstwa, składającą się z trzech poziomych pasów: żółtego, niebieskiego i białegoMieczysław Czuma, Leszek Mazan, Austriackie gadanie, czyli encyklopedia galicyjska, Kraków 1998, s. 525 i 537.. Na obrazie Juliusza Kossaka zatytułowanym Wjazd Cesarza do KrakowaMarian Zgórniak, Józef Buszko: Wielka historia Polski, t. 4, Kraków 2003, s. 465.„Wjazd Cesarza do Krakowa”. i przedstawiającym powitanie cesarza Franciszka Józefa przez mieszkańców Krakowa wyraźnie widać flagi jakimi miasto zostało ozdobione: czarno-żółte flagi Austrii, biało-błękitne flagi miejskie Krakowa (dawna flaga Wolnego Miasta Krakowa) i czerwono-biała flaga narodowa. Nie ma wśród nich flagi Wielkiego Księstwa.
Odrębność tych ziem od reszty Galicji widoczna też była w tytulaturze cesarza austriackiego. Już 9 sierpnia 1806 Habsburgowie przyjęli, obok „Króla Galicji i Lodomerii”, tytuł „Wielkiego Księcia Krakowa” (Großherzog von Krakau). Tytuł ten nosiło czterech monarchów: Franciszek II, Ferdynand I, Franciszek Józef I oraz Karol I.