W latach 70. XX wieku podjęto decyzję o przeznaczeniu budynku na Muzeum Ponidzia. Wówczas awaryjnie zabezpieczono synagogę, wykonano jej dokumentację konserwatorską i budowlaną oraz otoczono ją murem, w którym od 1990 umieszczane są pozostałości starych macew, które odzyskiwane są przy rozbiórkach domów, ruder i innych obiektów. Obecnie stanowi on Pomnik Pamięci o Holocauście Pińczowskich Żydów. thumb|left|Ściana z macew W latach 80. z funduszy Centralnego Funduszu Rozwoju Kultury wykonano osuszenie ścian, opaskę odwadniającą, wymieniono okna, niwelację otoczenia obiektu oraz podklejono polichromię w przedsionku. W latach 1989–1995 na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu bezpłatnie poddano konserwacji Aron ha-kodesz, który umieszczono z powrotem w synagodze w 1997.
W latach 1996–2000 dokończono prace konserwatorskie we wnętrzach synagogi, doprowadzono energię elektryczną i wodę, ułożono posadzkę w sali głównej z zaznaczeniem gdzie stała bima, odczytano napisy i rozpoznano wystrój malarski oraz podklejono zagrożone malowidła w przedsionku.