Zachowały się opowieści mówiące o wymuszaniu przez niego przestrzegania jasy na muzułmanach, trudno jednak przypuszczać, żeby ta polityka mogła rozciągać się na ludzi spoza jego obozu czy stolicy mongolskiego imperium Karakorum. Poza tym muzułmanów brali w ochronę ich pobratymcy w wierze Jaławacze.
Czagataj zmarł w roku 1244 lub 1245, wyznaczając swoim następcą wnuka, Kara Hülëgü (1244/1245–1246, 1251–1252), jednak Wielki Chan Gujuk (1246–1248) zastąpił go młodszym synem Czagataja, Jisü Möngke (1246–1251). Większość czagatajskich książąt, wraz ze swoimi krewnymi, potomkami Ugedeja, sprzeciwiła się wyborowi Möngke (1251–1259) na Wielkiego Chana, stąd po ostatecznym objęciu przez niego władzy zostali oni wygnani lub zabici. Ten ostatni los spotkał także Jisü Möngke. Nowy Wielki Chan przywrócił do władzy na zmniejszonym terytorium ułusu Kara Hülëgü. Po śmierci tego ostatniego władzę przejęła wdowa po nim, Organa-katun (1252–1260). Po śmierci Möngke znowu wybuchł konflikt o sukcesję, tym razem pomiędzy jego braćmi, Kubiłajem i Arykiem Böge. Ten drugi powierzył ułus Czagataja jego wnukowi, Ałgu (1260–1266), który pozbawił władzy Organę, potem jednak się z nią ożenił. W roku 1262 Ałgu przeszedł na stronę Kubiłaja, co w dużym stopniu przyczyniło się do ostatecznego zwycięstwa tego ostatniego w roku 1264; ;