W 1996 został laureatem prestiżowej nagrody ekologicznej „Der Deutsche Umweltpreis” w ochronie środowiska za całokształt dokonań jako naukowiec, polityk i działacz ekologiczny. Pieniądze z tej nagrody (350 tys. DM) przeznaczył na założenie fundacji mającej na celu wspieranie rozwoju najlepszych absolwentów polskich uczelni w ochronie środowiska. W latach 1997–2007 wielomiesięczne stypendia zagraniczne we współpracy z niemiecką fundacją Deutsche Bundesstiftung Umwelt (DBU) otrzymało ponad 160 osób.
W 2007, po wygranych przez Platformę Obywatelską wyborach parlamentarnych, został ogłoszony kandydatem tej partii na stanowisko ministra środowiska w nowym rządzie. 16 listopada 2007 został ministrem środowiska w pierwszym rządzie Donalda Tuska. W latach 2008–2009 był przewodniczącym konferencji stron UNFCCC. Pełniąc tę funkcję, zorganizował i był prezydentem 14. Konferencji Narodów Zjednoczonych w sprawie Zmian Klimatu (odbytej w grudniu 2008 w Poznaniu).