Jednokrotnie wystąpił w reprezentacji B (1928), wystąpił w siedmiu meczach reprezentacji Jugosławii, gdzie strzelił dwa gole. Zadebiutował w reprezentacji 28 września 1924 w Zagrzebiu, w meczu przeciwko Czechosłowacji przegranym przez Jugosławię 0:2. W reprezentacji w tym czasie występował bramkarz Hajduka Split, Dragutin Friedrich. Powołany jako bramkarz rezerwowy na ten mecz był także drugi bramkarza Hajduka, posiadający obywatelstwo włoskie Ottmar Gazzari. Ostatni raz w reprezentacji wystąpił 25 października 1931 w Poznaniu w towarzyskim meczu przeciwko Polsce przegranym 3:6. Swoje dwie bramki zdobył w wygranych przez reprezentację dwóch meczach, z których każdy rozgrywany był z Rumunią.
Bonačić zginął tragicznie zastrzelony przez jugosłowiańskich żandarmów, zatrzymany na nielegalnym przekraczaniu granicy z Włochami.
1. 28 września 1924, Zagrzeb, Jugosławia - Czechosłowacja 0:2 2. 10 maja 1927, Bukareszt, Rumunia - Jugosławia 0:3 3. 31 lipca 1927, Belgrad, Jugosławia - Czechosłowacja 1:1 4. 28 czerwca 1929, Zagrzeb, Jugosławia - Czechosłowacja 3:3 5.