30 grudnia 1941 mianowany został dowódcą US Navy, a 18 marca 1942 operacji morskichJako jedyny w historii Stanów Zjednoczonych pełnił obie te funkcje jednocześnie..
Przez Brytyjczyków oskarżany był o chęć porzucenia ustalonej podczas konferencji Arcadia zasady „Germany First”, w myśl której cały wysiłek wojenny aliantów skierowany miał być na pokonanie Niemiec w Europie, do tego czasu zaś na Pacyfiku miały być prowadzone jedynie działania powstrzymujące Japonię. W rzeczywistości King był jej zwolennikiem, uważając Niemcy za największe zagrożenie. Wobec jednak niechęci rządu Wielkiej Brytanii do rozpoczęcia ofensywy na kontynencie europejskim, stał na stanowisku że nie można marnować dostępnych zasobów, toteż w sierpniu 1942 roku zaplanował i zorganizował operację Watchtower – pierwszą amerykańską operację ofensywną na dużą skalę przeciw Japonii. Rozpoczęta lądowaniem na Guadalcanalu amerykańska operacja, zapoczątkowała krwawą sześciomiesięczną kampanię, która stanowiła punkt zwrotny wojny na Pacyfiku. Dowodząc amerykańską marynarką był bardzo surowy i wymagający wobec podwładnych, rzadko wybaczający błędy, był jednak głównym strategiem wojny przeciw cesarstwu japońskiemu.