Nadto WKS „Zawisza” wyraził zgodę na zachowanie przez Stowarzyszenie Piłkarskie nazwy „Zawisza” oraz wykorzystywanie klubowego logo, co pozwalać ma na zachowanie długoletniej tradycji, popularności i dotychczasowych osiągnięć oraz historii piłki nożnej. Z drugiej strony Stowarzyszanie Piłkarskie „Zawisza” na mocy tego porozumienia przejęło cały dorobek (tradycje piłkarskie zaczynające się od 1946 roku) stając się jedynym kontynuatorem i sukcesorem historii piłki nożnej WKS „Zawisza” Bydgoszcz. 4 lutego 2006 – kierownikiem drużyny został Piotr Rembowiecki. 12 kwietnia 2007 – trenerem zespołu został Piotr Tworek. 10 lipca 2007 – Prezesem Zarządu Zawiszy został Bogdan Pultyn. 18 czerwca 2008 – klub wywalczył awans do nowej, zreformowanej II ligi. 15 marca 2009 – Piotr Tworek przestał pełnić funkcję trenera. 27 marca 2009 – nowym trenerem zespołu został Mariusz Kuras. 1 lipca 2010 – nowym szkoleniowcem drużyny został Maciej Murawski. 11 kwietnia 2011 – dotychczasowego trenera zastąpił Adam Topolski. 12 czerwca 2011 – Zawisza awansował do I ligi. 22 czerwca 2011 – nowy właściciel klubu Radosław Osuch zatrudnił na trenera Janusza Kubota. 18 kwietnia 2012 – Janusz Kubot podał się do dymisji. 19 kwietnia 2012 – dotychczasowego trenera zastąpił Jurij Szatałow. 26 maja 2012 – Zawisza nie zdobył awansu do T-Mobile