Dnia 6 kwietnia 1947 roku piłkarze zainaugurowali rozgrywki zwycięskim spotkaniem z rezerwami Gwiazdy Bydgoszcz, zakończonym wynikiem 8:2. Awans do klasy A udało się uzyskać w kolejnym sezonie. Zawisza w barażach pokonał zespoły Cuiavii Inowrocław, Zrywu Wąbrzeźno i Zrywu Włocławek.

W swoim pierwszym występie na A-klasowych boiskach Zawiszanie zmierzyli się 2 września 1948 roku w derbach z Polonią Bydgoszcz. Mecz zakończył się zwycięstwem niebiesko-czarnych 2:0. Pierwszy rok pobytu wśród czołowych zespołów Pomorza Zawisza zakończył na trzecim miejscu w tabeli, za Brdą Bydgoszcz, która uzyskała awans do II ligi oraz Gwardią BydgoszczPolonia Bydgoszcz została rozwiązana i większość sportowców została wcielona do Gwardii Bydgoszcz.. Rok później Zawiszanie zajęli drugie miejsce, ustępując tylko zespołowi bydgoskiej Gwardii.

Puchar Intertoto 1993 Zawisza Bydgoszcz pierwszy epizod w europejskich pucharach zaliczył w Pucharze Intertoto 1993, czyli zanim od 1995 roku puchar ten stał się „eliminacją” do Pucharu UEFA.

Puchar Intertoto 1993 składał się z 8 grup po 5 zespołów.