Następnie był szefem Wydziału Operacyjno-Szkoleniowego - zastępcą szefa Sztabu w 3 Flotylli Okrętów im. kmdr. Bolesława Romanowskiego w Gdyni. W 1994 został w Oddziale Operacyjnym Sztabu Marynarki Wojennej w Gdyni szefem Wydziału Analiz Ekonomiczno-Wojskowych, a w 1996 objął obowiązki szefa Sztabu - I zastępcy dowódcy 3. Flotylli Okrętów. W 1999 powrócił do Sztabu Marynarki Wojennej na stanowisko szefa Oddziału Operacyjnego, a od 2000 szefa Oddziału Operacyjnego - zastępcy szefa Zarządu operacji Morskich G-3.
W latach 2002–2005 dowodził 8 Flotyllą Obrony Wybrzeża im. Wiceadm. Kazimierza Porębskiego w Świnoujściu, po czym wyznaczono go zastępcą szefa Sztabu w Dowództwie Marynarki Wojennej. Od stycznia 2006 był pełniącym obowiązki szefem Sztabu Marynarki Wojennej, a w grudniu 2006 został zatwierdzony na tym stanowisku z etatem wiceadmirała. W dniu 15 sierpnia 2007 kontradm. Michała Michalskiego przeniesiono do dyspozycji dowódcy Marynarki Wojennej adm.