Biskup poznański Wierzbowski wydał 27 grudnia 1681 kanoniczne zezwolenie na założenie klasztoru. Król zakupił plac i dom przy ul. Miodowej. W pierwszej kolejności wybudowana została kaplica (1682), w której zakonnicy rozpoczęli odprawianie nabożeństw, szybko zyskując przychylność mieszkańców Warszawy. W kolejnym roku (11 lipca) król nakazał wydać dyplom fundacyjny dla klasztoru. Kamień węgielny pod kościół został położony 23 lipca 1683, w przededniu wyprawy wiedeńskiej. Na uroczystości był obecny Jan III Sobieski, królowa Maria Kazimiera, synowie, nuncjusz apostolski Opizo Pallavicini arcybiskup Efezu, biskup Wierzbowski, senatorowie, hetmani, ministrowie i tłumy warszawiaków. Na kamieniu, zamiast pierwotnych słów Christo Redemptori Joannes III. Polon. Rex … król nakazał wyryć słowa Christo Triumphatori Joannes III. Polon. Rex ….
Na wiosnę 1686 zaczął o. Paweł z Imoli budować klasztor według projektu włoskiego budowniczego – architekta Affaity (młodszego). Ponieważ projekt, swoją wielkością i wspaniałością, zaprzeczał regule zakonnej król zdecydował o budowie klasztoru skromniejszego, dotychczasowy budowniczy Augustyn Locci stworzył nowy projekt a nadzór nad budową powierzono Karolowi Ceroniemu.