Tak dobra dyspozycja nie mogła ujść uwadze zagranicznym menedżerom. Najbardziej konkretną ofertę złożył klub Ligue 1 FC Nantes i latem 2006 roku Vladimir za kwotę 3 milionów euro przeszedł do tego francuskiego klubu, w którym to był pierwszym bramkarzem, jednak w 2007 roku karierę piłkarską wznowił Fabien Barthez i Stojković został na pół roku wypożyczony do SBV Vitesse. Natomiast latem 2007 przeszedł do Sportingu, gdzie zastąpił Ricardo, odchodzącego do Realu Betis. W nowym klubie Serb przegrał jednak rywalizację o miano pierwszego bramkarza z Rui Patrício.
W styczniu 2010 roku został wypożyczony do Wigan Athletic. W latach 2010–2013 grał w Partizanie Belgrad. W 2014 przeszedł najpierw do PAE Ergotelis, a następnie do Maccabi Hajfa. W 2016 trafił do Nottingham Forest. W latach 2017-2021 ponownie występował w Partizanie.