13 września 2006 został mianowany p.o. szefa Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego, zaś 19 października 2006 na szefa ABW. Odwołano go z tej funkcji 2 listopada 2007. Przywrócony na stanowisko prokuratora Prokuratury Krajowej, odszedł w stan spoczynku z momentem likwidacji tej jednostki i tworzenia Prokuratury Generalnej.
W wyborach samorządowych w 2010, jako bezpartyjny, został wybrany na radnego sejmiku województwa śląskiego z listy Prawa i Sprawiedliwości. W wyborach parlamentarnych w 2011 został liderem listy PiS do Sejmu w okręgu wałbrzyskim, uzyskał mandat poselski, otrzymując 17 109 głosów. Po wyborach Bogdan Święczkowski odmówił zrzeczenia się funkcji prokuratora w stanie spoczynku, wobec czego marszałek Sejmu Grzegorz Schetyna stwierdził wygaśnięcie jego mandatu poselskiego, uznając, iż przepisy prawa zabraniają łączenia tych dwóch funkcji. Bogdan Święczkowski odwołał się od tej decyzji do Sądu Najwyższego, który odwołanie oddalił. 14 listopada 2011 sejmik województwa śląskiego wygasił mu także mandat radnego tej izby, z powodu zrzeczenia się mandatu. Święczkowski twierdził, że zrzeczenie mandatu radnego miało stać się skuteczne z chwilą objęcia mandatu poselskiego i wycofał je. W styczniu 2012 jego skargę na tę decyzję odrzucił Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach.