Szeroką czaszkę huajangozaura charakteryzowały liczne zęby, w tym także zęby przedszczękowe (małe, rosnące ku tyłowi, ząbkowane, kształtem zbliżone do stożka, pozbawione cingulum), które nie występowały u innych stegozaurów (wnioskuje się z tego, że opisywany rodzaj stanowił względem nich takson siostrzany). Kości przedszczękowe nosiły ich 7, szczękowe natomiast od 25 do 30 zębów. Zęby szczękowe stegozaurów oglądane od strony warg cechowały się kształtem mniej więcej trójkątnym, występowały cingula. U huajangozaura nie były do siebie dobrze dopasowane, choć na powierzchni językowej korony jednego z zębów holotypu zauważono ślady tarcia zębem o ząb. Górna krawędź kości zębowej rozwinęła się znacznie gorzej, niż u bardziej zaawansowanych stegozaurów, z boku widać było zęby z wyjątkiem kilku ostatnich. Od innych przedstawicieli swego infrarzędu Huayangosaurus odróżniał się także mniejszym dołem przedoczodołowym. Otwory w długiej, smukłej żuchwie o dobrze rozwiniętym wyrostku dziobiastym występowały w obydwu przypadkach, u huajangozaura nie osiągały jednak tak dużych rozmiarów, jak choćby u kentrozaura. Z kolei karbowanie, dobrze widoczne od strony "policzków" u huajangozaura i regnozaura, u stegozaura czy kentrozaura jest zredukowane. Pomiędzy kością kwadratową i kwadratowo-jarzmową nie znajdował się otwór spotykany np.