Po wkroczeniu wojsk niemieckich do Lwowa, 14 sierpnia 1941 roku synagoga została spalona przez Niemców, wraz z innymi lwowskimi synagogamiGrzegorz Mazur, Jerzy Skwara, Jerzy Węgierski: "Kronika 2350 dni wojny i okupacji Lwowa", s. 227, a w 1942 wysadzonaNagroda architektoniczna im. Małgorzaty Baczko i Piotra Zakrzewskiego. Ocalały fragmenty.
W 2007 roku gmina żydowska we Lwowie podjęła kroki w celu rekonstrukcji synagogi w oparciu o zachowane fragmenty. Podjęto między innymi szeroko zakrojone prace archeologiczne.
W 2009 roku student Wydziału Architektury Politechniki Gdańskiej Michał Podgórczyk opracował projekt dyplomowy „Centrum Kultury Żydowskiej i synagoga we Lwowie”. Projekt ten zakładał budowę Centrum Kultury Żydowskiej oraz synagogi (która miała stać na ruinach synagogi Złotej Róży), w którą wkomponowane zostałyby fragmentu starego budynku. Podgórczyk za swój projekt otrzymał Nagrodę Architektoniczną im. Małgorzaty Baczko i Piotra Zakrzewskiego.
W 2010 roku rada miejska Lwowa ogłosiła konkurs na zagospodarowanie przestrzenne placu po synagodze oraz projekt pomnika Żydów lwowskich. Konkurs wygrał architekt Franz Reschke.