Wychowywanie i potomstwo Opieka nad potomstwem nie różni się od tego, w jaki sposób robią to inne pokrewne gatunki. Wysiadywanie trwa od 12 do 13 dni. Młode w gnieździe pozostają około 12–13 dni. Karmią je oboje rodzice, do kilku dni po opuszczeniu dziupli. Przez krótki czas młode po opierzeniu nadal trzymają się w pobliżu gniazda. Dojrzałość płciowa osiągana jest w 2. roku życia.
Status zagrożenia i ochrona IUCN uznaje muchołówkę małą za gatunek najmniejszej troski (LC, Least Concern). Liczebność światowej populacji, obliczona na podstawie szacunków organizacji BirdLife International dla Europy z 2015 roku, mieści się w przedziale 6,5–10,5 milionów dorosłych osobników. Globalny trend liczebności populacji uznawany jest za wzrostowy.
Na terenie Polski muchołówka mała jest objęta ścisłą ochroną gatunkowąRozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 16 grudnia 2016 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt ().. Na Czerwonej liście ptaków Polski została sklasyfikowana jako gatunek najmniejszej troski (LC). Szkodzi jej deszczowa aura latem, drapieżniki gniazdowe i