Tymczasem o schedę po Jerzym wystąpił książę Bawarii Albrecht IV Mądry (1447–1508) utrzymując, że podopieczni Filipa nie posiadają prawa dziedziczenia, gdyż ich ojcem był dawny biskup Fryzyngi Rupert Cnotliwy (1481–1504), którego śluby kapłańskie uznał za niezbywalne. W konsekwencji to właśnie Albrecht objął faktyczne rządy w Landshut, co było bezpośrednią przyczyną wybuchu wojny sukcesyjnej. Została ona zakończona dopiero porozumieniem zawartym 30 lipca 1505 w Kolonii i zatwierdzonym przez cesarza Maksymiliana I (1459–1519). Na jego mocy Filip zrzekł się księstwa na rzecz Albrechta, jednak zabezpieczył dla wnuków wydzielony z tego terytorium Palatynat Neuburski.

Pozostał przy rządach w Palatynacie Reńskim, skupiając się na rozwoju gospodarczym i kulturalnym kraju. Był mecenasem kultury i nauki, ufundował i wyposażył bibliotekę Uniwersytetu Heidelberskiego. Sprowadzał uznanych uczonych, m.in. Johanna von Dalberga (1445–1503), prawnika i humanistę, który stał się wychowawcą jego dzieci.

Zmarł w 1508 i został pochowany w kościele św. Ducha w Heidelbergu. Następcą Filipa został jego najstarszy syn Ludwik V (1478–1544).

Rodzina W 17 kwietnia 1474 w Ambergu ożenił się z Małgorzatą (1456–1501), księżniczką Landshut, córką Ludwika IX Bogatego (1417–1479) i Amelii saskiej (1435–1502).