Najbardziej zauważalną różnicą jest kształt tylnego spoilera. Głównym kierowcą testowym był Andrea Bertolini, próby odbywały się na torze Fiorano Circuit. W testach brał również udział Michael Schumacher. Podczas gdy projekt MCC posuwał się naprzód, zrezygnowano z nazwy MCS na rzecz nowo zatwierdzonej MC12.
Samochód bazował w dużej mierze na Ferrari Enzo, dzielił z nim nieznacznie zmodyfikowany silnik Ferrari Dino V12, skrzynię biegów (której nazwę zmieniono na Maserati Cambiocorsa) oraz podwozie (rozstaw kół na osiach). Nadwozie było natomiast oryginalną konstrukcją Maserati. MC12 było dłuższe, szersze oraz nieznacznie wyższe od Enzo. Oba samochody dzielą ze sobą szybę przednią. Większa powierzchnia nadwozia pozwalała na zwiększenie siły docisku, w tym celu zastosowano również spoiler tylny.
Opis MC12 to dwudrzwiowe coupé z dachem typu targa. Zdejmowany dach, kiedy nie jest używany, nie może być przechowywany w samochodzie. W samochodzie zastosowano układ RMR, silnik umieszczony centralnie za kabiną pasażerską, przenosi napęd na oś tylną. Dzięki temu środek ciężkości pojazdu znajduje się w pobliżu jego środka geometrycznego. Rozwiązanie to wpłynęło pozytywnie na stateczność samochodu oraz jego zdolność pokonywania zakrętów.