Na początku XIX wieku była to jedynie skromna osada rybacka w sąsiedztwie zrujnowanych fortyfikacji.

Pierwsze wykopaliska na tym terenie zostały podjęte w 1928 przez włoskiego archeologa Luigi Ugoliniego, prowadzone głównie na terenie tamtejszego akropoluLuigi M. Ugolini: L'acropoli di Butrinto. Roma 1942.. Kontynuowane przez albańskich archeologów po II wojnie światowej, pozwoliły na odkrycie resztek murów obronnych (wśród nich tzw. Lwiej Bramy) z IV-V w. p.n.e., hellenistycznego teatru z III wieku p.n.e., ruin domów, rzymskich łaźni i nimfeum oraz bizantyjskiej bazyliki i baptysterium z VII wieku. Na miejscu zachowały się również pozostałości średniowiecznego zamku weneckiego. Na terenie wykopalisk odnaleziono wiele rzeźb z okresu grecko-rzymskiego, zgromadzonych w miejscowym muzeum.

W latach 1997–2005 obiekt został uznany za zagrożony w związku ze splądrowaniem miejscowego muzeum w trakcie niepokojów społecznych w kraju, i umieszczony w wykazie miejsc zagrożonych prowadzonym przez UNESCOThe UNESCO List of World Heritage in Danger [dostęp 2026-07-29]..

W 2002 roku wokół wykopalisk ustanowiono Park Narodowy Butrint obejmujący z przyległym terenem ok.