Różnicowanie Diagnostyka różnicowa pneumocystozy niemowląt i wcześniaków obejmuje wrodzone wady serca i zapalenia płuc o innej etiologii. U osób dorosłych różnicowanie powinno uwzględniać zapalenia płuc o etiologii grzybiczej, bakteryjnej (w tym gruźliczej) i wirusowej. Należy mieć na uwadze możliwość koincydencji dwóch czynników etiologicznych u jednego pacjenta (zwłaszcza cytomegalia często współistnieje z pneumocystozą).
Leczenie Lekiem z wyboru jest kotrimoksazol podawany dożylnie przez okres 3 tygodni. U osób z objawami niewydolności oddechowej konieczne jest podanie kortykosteroidów. Kotrimoksazol często jest źle tolerowany przez chorych z AIDS; lekami drugiego rzutu są związki pentamidyny (zaleca się unikanie podawania drogą wziewną ze względu na powikłania), pirymetamina z sulfadoksyną, klindamycyna z prymachiną.
Po zakończeniu leczenia u chorych z AIDS zaleca się leczenie podtrzymujące: kotrimoksazol 960 mg 3 razy w tygodniu lub 960 mg raz dziennie pentamidynę 300 mg wziewnie raz w miesiącu dapson 100 mg raz dziennie p.o. atowakwon 1500 mg raz dziennie p.o.