Od sali odchodzi wiele bocznych korytarzy; te po lewej stronie są niskie i szerokie, gdyż powstały na rozmyciach bardziej miękkich warstw międzyławicowych, te po prawej to owalne kanały krasowe.
Za zasypanym otworem drugim jest niewielka salka (2 × 2 m). Wychodzi z niej niska i niedostępna szczelina, oraz ciasna i zawalona gruzem rura, która łączy się z Jaskinią Niską (stwierdzono to kontaktem głosowym). Niemożliwy do przejścia odcinek ma długość około 2 m. Zaraz po lewej stronie otworu wejściowego znajduje się niskie i ciasne wejście do 11 metrowej długości korytarza, prowadzącego do zasypanego otworu zachodniego. W korytarzu jest mająca postać szczeliny studzienka o głębokości 2 m.
Jaskinia Twardowskiego ma skomplikowany, kilkupiętrowy system połączonych z sobą ciasnych korytarzy i niemożliwych do przejścia szczelin. Odchodzą one w kierunku dawnego kamieniołomu, Jaskini Niskiej i Jaskini Jasnej. Jest w niej kilka sal: oprócz Sali Głównej jest Salka z Tabliczką, Salka z Belką, Salka z Progiem i inne.