Studia historyczne podjął w 1943 r. na tajnym Uniwersytecie Jagiellońskim. Wybór tego kierunku był związany z następującym faktem: Myślałem, że nauka historii najlepiej pomoże rozeznać, skąd wzięliśmy się i dokąd idziemy. Interesowała mnie antropogeneza, narodziny cywilizacji, systemów religijnych i etycznychCyt. za: P. Bliński, Z. Zielińska, Emanuel Rostworowski – droga na historiograficzny Olimp, [w:] W kręgu badaczy dziejów politycznych XVIII wieku. Józef Feldman – Emanuel Rostworowski – Jerzy Michalski, pod red. Z. Zielińskiej i W. Kriegseisena, Warszawa 2010, s. 21. Opinia ta została zamieszczona w czasopiśmie historycyzm "Dzieje Najnowsze" w 1974 r. Została ona udzielona jako odpowiedź w ankiecie pt "Jak zostałem historykiem".

Uczęszczał na seminarium znakomitego historyka Władysława Konopczyńskiego, który rozbudził w nim zainteresowanie XVIII w. Tam też zapoznał się z warsztatem naukowym historyka. W marcu 1945 r. został powołany do służby wojskowej. Odsłużył kilka miesięcy w wojsku, w stopniu starszego szeregowego. W 1973 r. otrzymał odznaczenie za udział w walkach o Berlin, w których de facto nie uczestniczył. Dzięki wstawiennictwu prof. Konopczyńskiego, który zaświadczył, że Rostworowski jest jego asystentem wolontariuszem, został zwolniony z wojska (wówczas stacjonował w Skierniewicach).