Po publikacji Tomasza Terlikowskiego w „Newsweeku” z marca 2006 wyznawcy Kościołów nierzymskokatolickich zaczęli zadawać swoim przywódcom pytania o ich przeszłość. Przodował w tym portal Ekumenizm.pl.
W 2014 serwis Ekumenizm.pl opublikował serię artykułów nt. sytuacji w Kościele Starokatolickim Mariawitów w związku z podpisaniem przez biskupów tego Kościoła porozumienia i deklaracji, dotyczących ponownego przyjęcia do Unii Utrechckiej. Teksty na Ekumenizm.pl wywołały ogólnokościelną debatę i wiele kontrowersji, w tym ostrą reakcję świeckich niezadowolonych z samowoli biskupów. Unia Utrechcka zdecydowała się odłożyć członkostwo Kościoła Starokatolickiego Mariawitów na bliżej nieokreśloną przyszłość.
W 2015 serwis rozpoczął publikacje cyklu: „Pod nadzorem bezpieki” dotyczącym historii Kościołów mniejszościowych w okresie PRL. Członkowie redakcji przeprowadzili kwerendy w Instytucie Pamięci Narodowej dotyczące chrześcijan ewangelikalnych, Kościołów mariawickich, a także funkcjonowania Polskiej Rady Ekumenicznej.