Synagoga została uroczyście otwarta 15 września 1887 roku przez gdańskiego rabina Kossmana Wernera, który wygłosił uroczyste przemówienie przed władzami miasta oraz wiernymi. Następnie do synagogi wniesiono zwoje Tory ze śródmiejskiej Starej Synagogi, które umieszczono w aron ha-kodesz, i zapalono wieczne światło. Pierwsze nabożeństwo odbyło się 8 grudnia 1887 roku. Na początku XX wieku w synagodze otwarto jedno z najstarszych na świecie muzeów judaistycznych, posiadające bardzo bogate eksponaty, których część przekazał Lesser Giełdziński. Nabożeństwa odbywały się przy akompaniamencie organów oraz chóru; w synagodze odbywały się również liczne koncerty, występy teatralne oraz wykłady znanych profesorów i rabinów świata.
Po dojściu nazistów do władzy (1933 rok) przy synagodze utworzono wartę strzegącą jej przed bojówkami. Dzięki temu synagoga ocalała aż do 1939 roku, mimo że próbowano ją dwa razy zniszczyć i podpalić. Zarząd gminy, obawiając się kolejnych napadów, sprzedał wyposażenie synagogi;