Początkowo zarząd był tej inicjatywie niechętny i obawiał się rozpadu Wielkiej Gminy Synagogalnej na mniejsze, słabsze gminy. Zarząd zdecydował, że będzie żydowskim mieszkańcom Wrzeszcza udzielał zgody na jednorazowe zgromadzenia modlitewne w lokalach należących do członków gminy. Inicjatywa ta została bardzo niechętnie przyjęta, co spowodowało utworzenie w 1924 roku Synagogen-Verein (z niem. Stowarzyszenie Synagogalne), którego celem było m.in. publiczne odprawianie modłów oraz budowa własnej synagogi we Wrzeszczu. W maju tego samego roku zarząd Wielkiej Gminy Synagogalnej przystał na zamierzenia stowarzyszenia, co zaowocowało powołaniem specjalnej komisji, której zadaniem było zebranie funduszy na zakup parceli, przygotowanie projektu architektonicznego i budowa obiektu.
Budowa i otwarcie 5 sierpnia 1926 roku nastąpiło uroczyste wmurowanie kamienia węgielnego pod budynek synagogi przy ówczesnej ulicy Mirchauerwegstrasse (obecnie Partyzantów). Na uroczystość przybyli: członek zarządu Gminy Synagogalnej, Gustaw Zander, który złożył w metalowej kasecie okolicznościowy dokument, modlitewnik i gdańskie monety, a także gdański rabin Dawid Weiss, przewodniczący Wrzeszczańskiego Stowarzyszenia Synagogalnego, Hermann Lewinsky i senator Hubertus Schwarz, którzy wygłosili przemówienia.