Choć król Stefan Batory ustanowił go w 1580 roku głównie w celach fiskalnych, to de facto pełnił on rolę głównego organu samorządu żydowskiego w Rzeczypospolitej.
Kryzys struktury organizacyjnej sprzyjał wzrostowi znaczenia autonomicznych wspólnot chasydzkich zgrupowanych wokół cadyków. Stopniowo zaczął się wyodrębniać odrębny obrządek oparty na praktyce sefardyjskiej (w odróżnieniu od miejscowego aszkenazyjskiego). Zaczęły powstawać chasydzkie domy modlitwy – klojzy. W przeciwieństwie do średniowiecznego chasydyzmu elitarnego, nowożytny polski chasydyzm, zaczął się rozszerzać głównie wśród ubogich warstw ludności, przyjmując charakter ruchu ludowego o coraz szerszym zasięgu terytorialnym.
Z Wołynia i Podola, gdzie chasydyzmowi przewodzili Lewi Izaak z Berdyczowa oraz Nachman z Bracławia, przeszedł stopniowo na Litwę, gdzie dużą rolę odgrywał Szneur Zalman z Ladów, a następnie przesunął się do środkowej Polski, gdzie przywódcami byli: wspomniany już wcześniej Elimelech z Leżajska, Jakub Izaak Horowic, zw. Widzącym z Lublina czy Jakub Izaak z Przysuchy (Jakub Izaak Rabinowicz).