Dochodzi także do niebywałej eksplozji demograficznej (w szczególności wyspy Jawa) ludności tubylczej opartej głównie na pracochłonnej uprawie ryżu na polach zalewowych.
Po I wojnie światowej doszło do rozbudzenia świadomości narodowej Indonezyjczyków. Powstały partie polityczne, takie jak: Nacjonalistyczna Partia Indonezji (z Sukarno na czele) czy Indonezyjska Partia Komunistyczna. W reakcji na to Holendrzy rozpoczęli represjonowanie działaczy niepodległościowych (m.in. uwięzili Sukarno).
W latach 1942–1945 w czasie II wojny światowej archipelag został zajęty przez Japończyków, którzy zostali zwabieni tu głównie przez bogate złoża ropy naftowej. Po wybuchu walk niepodległościowych w 1949 r. doszło do utworzenia niepodległego państwa indonezyjskiego. Formalne przekazanie niepodległości odbyło się 27 grudnia, gdy w amsterdamskim pałacu królewskim Królowa Holandii Juliana, w obecności indonezyjskiego premiera Mohammad Hatty formalnie przyznała suwerenność Indonezji i stanęła na czele Unii Holendersko-Indonezyjskiej. Stolica Indii Holenderskich – Batawia została przemianowana wówczas na Dżakartę i została stolicą republiki.