Wyspy indonezyjskie pod kontrolą rządu holenderskiego thumb|left|300px|Holenderskie posiadłości kolonialne (posiadłości Kompanii Wschodnioindyjskiej – jasnozielony kolor) Około 1700 r. system kolonialny funkcjonujący w ramach VOC doskonale się sprawdzał i doprowadził do wytworzenia państwa w państwie i liczącej się siły militarnej na archipelagu. Jednak w ciągu XVIII wieku znaczenie Kompanii cały czas słabło, monopol gospodarczy był podkopywany przez przemyt i szmugiel. Rosły koszty funkcjonowania administracji kolonialnej, panoszyła się korupcja wśród urzędników, którzy nie zawsze działali w interesie swojego pracodawcy. W 1799 r. VOC została zlikwidowanaByło to spowodowane popadnięciem Holandii w zależność od rewolucyjnej Francji w czasie jej wojny z państwami Wielkiej Koalicji, do której należała Holandia. a jej kolonie w Azji Południowo-Wschodniej dostały się w 1811 r. pod krótkie zwierzchnictwo AngliiWcześniej po likwidacji VOC na wyspie rządził jeden z marszałków Napoleona – Herman Willem Daendels, który przyczynił się do rozbudowy infrastruktury na wyspach oraz wzmocnienia obronności. i zostały zwrócone po wojnach napoleońskich rządowi Holandii, który przejął nad nimi kontrolę. Malakka i Półwysep Malajski zostały odstąpione Anglii w 1824 r. po podpisaniu traktatu angielsko-holenderskiego.