W 1839 na mocy postanowień synodu połockiego przestał istnieć Kościół unicki na ziemiach białoruskich i litewskich. Położone na tym obszarze monastery zostały przemianowane na męskie prawosławne wspólnoty mnisze. W takich okolicznościach doszło do reaktywacji monasteru Świętych Borysa i Gleba. W 1853 w wyniku osunięcia się skarpy niemeńskiej zawaliły się południowa ściana i apsyda. Na wniosek metropolity wileńskiego i litewskiego Józefa cerkiew została zamknięta dla celów kultowych, a jej wyposażenie przeniesione do innej świątyni. Również monaster zmienił swoją siedzibę, przenosząc się w 1854 do zarekwirowanego przez władze carskie budynku klasztoru bernardynek. Uszkodzona cerkiew została zabezpieczona i odremontowana z funduszy wydzielonych przez cara Aleksandra II.
W 1948 władze radzieckie urządziły w budynku cerkiewnym muzeum. Przywrócenie obiektowi funkcji kultowych nastąpiło w 1991Informacje o cerkwi na stronie eparchii grodzieńskiej i wołkowyskiej. W 2004 roku cerkiew została wpisana na listę informacyjną UNESCO.