Po zakończeniu wojny – 12 maja 1945 – został aresztowany przez NKWD. Stał się przedmiotem brutalnych przesłuchań, w czasie których stracił wzrok. W kwietniu 1947 r. został oskarżony w procesie o „propagowanie faszyzmu i nazizmu”, za co oskarżyciel żądał kary śmierci. Został skazany na 2 lata więzienia. Zmarł w biedzie i zapomnieniu krótko po opuszczeniu więzienia.
W czasie rządów komunistycznych (1948–1989) był ignorowany przez oficjalną historiografię. Jest praktycznie nieznaną postacią w dzisiejszych Czechach i na Słowacji.
Bibliografia Fidler Jiří, Generálové legionáři 2001, Kelly David, The Czech Fascist Movement: 1922-1942, Columbia University Press 1995, Kelly David, The Would-Be Führer: General Radola Gajda of Czechoslovakia [w:] Nr 12.3 The Journal of Slavic Military Studies Klimek Antonín, Hofman Petr, Generál Radola Gajda, vítěz, který prohrál 1995, , (wyjątki) Rees Philip, Biographical Dictionary of the Extreme Right Since 1890, 1991, Zacek Joseph F., Radola Gajda of Czechoslovakia [w:] Kiraly Bela K., East Central European War Leaders: Civilian and Military, Columbia University Press 1988,