W roku 1882 przedstawiając na wydziale psychologii i filozofii przyrody w Uniwersytecie Lwowskim rozprawę habilitacyjną, zatytułowaną Rozwój filozoficznych i chemicznych pojęć o atomach, otrzymał stopień doktora habilitowanego. W kwietniu 1882 roku we Lwowie, Ochorowicz przybrał pseudonim literacki „Mohort”, którym podpisywał autorskie publikacje w czasie zaboru rosyjskiego. Wysłany do Paryża, na staż naukowy przebywał tam kilka lat. Później powrócił do Warszawy.
Jego żoną od 1888 była Maria Helena Leszczyńska, z którą wziął rozwód ok. 1899„Kurier Warszawski” 1925, nr 256, s. 11, nekrolog.. Po rozwodzie z żoną przeniósł się do Wisły na Śląsku Cieszyńskim, do cichej i mało wtedy znanej miejscowości. Tutaj urządził sobie dom, znany później jako willa Ochorowiczówka, a w nim pracownię, w której zajmował się fototechniką, konstrukcją elektrycznych przyrządów pomiarowych, chemią fotograficzną i pisarstwem. Działał też w organizacjach społecznych, głównie w Macierzy Szkolnej. Od 1900 był prezesem Kasy Literackiej.
Zmarł nagle na atak dusznicy bolesnej 1 maja 1917 roku w Warszawie, w mieszkaniu swojej ostatniej medium, Jadwigi Domańskiej. Pochowany został na Cmentarzu Powązkowskim (kwatera 66-3-10/11).