W marcu 1945 okręt pod dowództwem kapitana Leslie E. Gehresa został wysłany w rejon Wysp Japońskich. 19 marca został zaatakowany przez pojedynczy japoński bombowiec nurkujący, który lecąc w chmurach śledził amerykańskie samoloty powracające z misji nad terytorium Japonii. Bombowiec zrzucił dwie, prawdopodobnie 250-kilogramowe bomby: pierwsza wpadła do hangaru, druga przebiła się przez dwa pokłady zanim eksplodowała. Pożary wywołane eksplozjami bomb szybko ogarnęły samoloty na pokładzie oraz zbiorniki paliwa. Zginęło 796 marynarzy, a 265 zostało rannych. Za akty odwagi i męstwa załodze „Franklina” przyznano 2 Medale Honoru, 19 Krzyży Marynarki Wojennej, 22 Srebrne Gwiazdy, 116 Brązowych Gwiazd, 347 Purpurowych Serc i 808 nadanych pośmiertnie Purpurowych Serc.
Okręt dopłynął o własnych siłach do portu w kontynentalnych Stanach Zjednoczonych, ale nie wrócił do służby czynnej. Zakonserwowany, został przeklasyfikowany: 1 października 1952 na lotniskowiec uderzeniowy (CVA-13), 3 sierpnia 1953 na lotniskowiec zwalczania okrętów podwodnych (CVS-13), 15 maja 1959 na transportowiec samolotów (AVT-8).