Od 1921 był prezesem Zjednoczenia Związków Muzyków Polskich (później Związku Muzyków Polskich), od 1922 – członkiem komisji kwalifikacyjnej sekcji polskiej MTMW, w latach 1922–1925 prezesem nowo utworzonego Stowarzyszenia Popierania Muzyki Symfonicznej. 28 października 1924 Minister Spraw Wojskowych zatwierdził marsz wg kompozycji Henryka Melcer-Szczawińskiego, jako „Marsz dla generałów”Dziennik Rozkazów M.S.Wojsk. Nr 43 z 28.10.1924 r., poz. 624.. 16 grudnia 1925 odbył się w Filharmonii Warszawskiej jubileusz 30-lecia jego pracy artystycznej (powtórzony w Łodzi). W grudniu 1926 zrezygnował z funkcji dyrektora konserwatorium w proteście przeciw nieuzasadnionemu – jego zdaniem – pogwałceniu autonomii uczelni przez zarządzenie jej wizytacji ze strony ministerstwa; pozostał profesorem klasy fortepianu 1927 był jurorem I Międzynarodowego Konkursu Pianistycznego im. F. Chopina. Z powodu rozwijającej się choroby serca coraz rzadziej koncertował i dyrygował. Ostatni koncert kompozytorski Melcera-Szczawińskiego poprowadził K. Wiłkomirski w Filharmonii Warszawskiej 22 stycznia 1928. Melcer-Szczawiński zmarł nagle na serce 18 kwietnia 1928 podczas lekcji w konserwatorium.