Plan operacji został opracowany w sztabie Okręgu Wilno Armii Krajowej w marcu 1944, zakładał on zdobycie miasta przez połączone siły wileńskiego i nowogrodzkiego okręgu AK.
Plan operacji Pierwotnie podstawowym założeniem operacji „Burza” odnośnie do Wilna było przekonanie, że nieprzyjaciel ogarnięty paniką będzie myślał tylko o szybkim odwrocie, w związku z tym dowództwo AK nie przewidywało poważniejszych walk o miasto poza przełamaniem posterunków lub placówek nieprzyjaciela ubezpieczających przede wszystkim skraj miasta – dalej oddziały partyzanckie miały zgodnie z założeniami bez większych przeszkód przeniknąć do Śródmieścia i opanować centrum miasta, co oznaczałoby samodzielne zdobycie go przez AK. Wilno jednak na mocy rozkazu Hitlera zostało przekształcone w ufortyfikowaną twierdzę obsadzoną przez silny garnizon.