Obie łącznie mogły pomieścić ponad 3000 modlących osóbMaria Piechotka i Kazimierz Piechotka: Bramy Nieba Bóżnice murowane na ziemiach dawnej Rzeczypospolitej. Polski Instytut Studiów nad Sztuką Świata i Muzeum Historii Żydów Polskich POLINWarszawa, 2017, s. 198-200, język polski, .

Istnieją przekazy, że w całym kompleksie synagogalnym mieściły się zarówno biura gminy żydowskiej, jak również pierwsza lubelska jesziwa. Tu też znajdował się niewielki areszt dla przestępców, którzy popełnili wykroczenia przeciwko religii lub gminie. Najprawdopodobniej pozostałością tego aresztu była niewielka bóżniczka, znajdująca się w przedsionku synagogi, nazywana w XIX-wiecznych dokumentach „Szywe Kryjem”.

Podczas najazdu kozacko-moskiewskiego na Lublin w 1655 napastnicy doszczętnie spalili synagogę, którą w szybkim czasie odbudowano, ale przestała już wtedy funkcjonować jesziwa. Przez kolejne lata była ona zaniedbana i nieremontowana, co doprowadziło ją w 1854, w nocy po Jom Kipur, do katastrofy budowlanej, podczas której zawaliły się stropy budynku. W 1866 zakończono długą i żmudną odbudowę synagogi, której nie nadano już barokowego charakteru.