Noworodek rodzi się czarny jak u mniszki hawajskiej czy mirungi, ale odróżnia się białą plamą na brzuchu.
Systematyka thumb|left|Do 2014 mniszkę śródziemnomorską umieszczano w tym samym rodzaju, co widoczna wyżej mniszka hawajska, przeniesiona następnie do odrębnego rodzaju Neomonachus Gatunek po raz pierwszy zgodnie z zasadami nazewnictwa binominalnego opisał w 1779 roku francuski zoolog Johann Hermann, nadając mu nazwę Phoca monachus. Miejsce typowe to Osor, na Cres, w Chorwacji. Jako miejsce typowe podano Dalmatian Sea at Ossero, co później (1956) Judith King ograniczyła do obszaru dzisiejszej Serbii i Czarnogóry. Okazem typowym był samiec schwytany w 1777 roku, następnie wystawiany żywy w Paryżu oraz Strasburgu, gdzie był obserwowany przez Hermanna; po śmierci ów osobnik nie został zachowany.
Jeszcze w XXI wieku do rodzaju Monachus (mniszka) zaliczano 3 gatunki: mniszkę śródziemnomorską, hawajską oraz wymarłą mniszkę karaibską. Jednak w 2014 roku Scheel et al. opublikowali wyniki badań genetycznych cytochromu b, wykazując bliższe pokrewieństwo pomiędzy mniszkami hawajską i karaibską niż między którąkolwiek z nich i mniszką śródziemnomorską. Dwa pierwsze gatunki oddzieliły się od siebie po zamknięciu drogi morskiej między Ameryką Północną i Południową.