Zachęciło to tę grupę, która zorganizowała zawody rok wcześniej, by w 1898 zmierzyć się kilka razy w Casa dos Banhos z Club dos Pimpões.
Dnia 7 kwietnia 1901 obie rywalizujące ze sobą grupy wioślarskie połączyły się i założyły klub Clube Náutico Capibaribe.
Sekcja piłki nożnej w klubie Náutico rozpoczęła swą działalność dopiero w roku 1905. Pierwsza drużyna piłkarska klubu składała się z samych Anglików. Náutico był znany jako „klub dla bogatych”, dlatego w początkach swego istnienia nie dopuszczano czarnoskórych mieszkańców Brazylii do gry w barwach klubu. W roku 1934 klub sięgnął po pierwsze mistrzostwo stanu Pernambuco (Campeonato Pernambucano). Wicemistrzostwo drugiej ligi w 1988 dało awans do ligi pierwszej. Po kilku latach gry w pierwszej lidze klub spadł w 1994 roku do ligi drugiej.
Dnia 26 listopada 2005 Náutico było bardzo blisko powrotu do Campeonato Brasileiro Série A. Grając przeciwko Grêmio u siebie, w Recife, musieli wygrać by zapewnić sobie awans. Pomimo przyznanych dwóch rzutów karnych i gry przy znacznej przewadze liczebnej (sędzia wyrzucił z boiska 4 graczy drużyny przeciwnej przy jednej tylko czerwonej kartce dla gospodarzy) Náutico nie tylko nie strzelił bramki, ale jedną stracił i przegrał 0:1, grzebiąc swe szanse na awans do najwyższej ligi.