Historia Akcja Diuny rozpoczyna się w momencie przekazania planety w lenno Atrydom przez Padyszacha Imperatora Shaddama IV, po 80 letnim panowaniu Harkonnenów. Okazuje się to jednak pułapką – Atrydzi zostają zaskoczeni przez Harkonnenów (wspomaganych przez imperialnych Sardaukarów) i wybici. Uciec na pustynię udaje się jednak Paulowi Atrydzie, który poznaje i zjednuje sobie Fremenów – żyjących na pustyni doskonałych wojowników. W momencie przybycia na planetę Imperatora Paul (z pomocą nowych sojuszników) przypuszcza na niego atak, w wyniku którego przejmuje władzę i sam zostaje Imperatorem, władcą Wszechświata. W tym okresie Diuna jest pustynnym pustkowiem, królestwem czerwi pustyni i melanżu.
Później, w Mesjaszu Diuny i Dzieciach Diuny, autor opowiada o formowaniu się Imperium Atrydów i ich panowaniu na Diunie (nowej stolicy cesarstwa), gdzie rozpoczęta została transformacja ekologiczna. Jej rezultatem jest zielona planeta, spełnienie marzeń Fremenów. W tym okresie Leto II Atryda łączy swoje ciało z trociami przyprawowymi, stając się pół człowiekiem, pół czerwiem, który panuje w Imperium przez ponad trzy i pół tysiąca lat jako Bóg Imperator, o czym opowiada książka Bóg Imperator Diuny.