W roku 1992 klub wygrał drugą ligę (Campeonato Brasileiro Série B) i awansował do najwyższej ligi. W 1999 roku klub spadł z pierwszej ligi, ale tylko na jeden sezon. W roku 2000 Paraná pokonał AD São Caetano wygrywając puchar João Havelange’a. Puchar ten zastąpił Campeonato Brasileiro (wszystkie ligi), zawieszone przez brazylijski wymiar sprawiedliwości.
W roku 2003 Paraná Clube oraz L.A. Sports (sportowa firma marketingowa) podpisały umowę o współpracy. Celem umowy była pomoc klubowi w utrzymaniu szkółki piłkarskiej. Innym celem umowy była pomoc klubowi w zawieraniu umów z nowymi piłkarzami. Ponieważ umowa z firmą L.A. Sports wygasła i nie została wznowiona, w 2005 Paraná Clube utworzył fundusz inwestycyjny, który miał realizować cele wyznaczone przez umowę.
W lutym 2006 Paraná Clube ponownie zaczął rozgrywać domowe mecze na stadionie Estádio Vila Capanema. Stadion przeszedł gruntowną modernizację, zwiększając pojemność stadionu do 16660 miejsc, nie mówiąc o znacznym rozbudowaniu infrastruktury zarówno sportowej, jak i komercyjnej.
Dnia 9 kwietnia 2006 Paraná Clube wygrał stanową ligę siódmy raz w swej historii pokonując ADAP 3:0 w Maringá i remisując 1:1 na stadionie Pinheirão Stadium.