Podyktowane jest to możliwością napotkania rozszerzeń (wtyczek) firm trzecich, czy kontrolek ActiveX, które mogą jeszcze nie być dostępne w nowej 64-bitowej wersji.
Starsze 32-bitowe sterowniki i usługi nie są już obsługiwane przez 64-bitowy system, ale kodeki audio i wideo, takie, jak XviD, czy OggDS (będące w zasadzie 32-bitowymi bibliotekami DLL) mogą być uruchamiane, pod warunkiem, że korzystają z nich również 32-bitowe programy odtwarzające.
Kompatybilność z innymi aplikacjami Odwrotnie, niż miało to miejsce w przypadku wcześniejszych wersji systemu z linii Windows NT, 64-bitowe wersje Windows nie zawierają maszyn wirtualnych NTVDM, więc niemożliwe jest uruchomienie w nich aplikacji przeznaczonych dla systemów MS-DOS, POSIX, OS/2 2.x i 16-bitowych programów Windows. Istnieją jednak emulatory programowe firm trzecich (np. DOSBox pozwalający na uruchamianie programów dla MS-DOS).
Drugim możliwym rozwiązaniem jest wykorzystanie oprogramowania do wirtualizacji, takiego, jak VMware czy Virtual PC i instalacja starszych wersji systemu Microsoft Windows czy MS-DOS.