W latach 1963–1989 była ministrem oświaty NRD. Otrzymała parokrotnie najwyższe odznaczenie tego państwa, Order Karla Marksa. Z racji sprawowanych funkcji była „skoszarowana” wraz z mężem w partyjno-rządowych osiedlach kierownictwa NRD – początkowo wokół Majakowskiring w Berlinie-Pankow, następnie na Osiedlu Leśnym pod Bernau. Ze względu na farbowane włosy przezywano ją „Fioletowy Smok” (Der lila Drache)Margot Honecker: Der lila Drache – Webnews..
W 1953 wyszła za mąż za Ericha Honeckera. W publikacjach z czasów NRD podawano wcześniejszą datę, aby ukryć fakt, że ich córka Sonja (ur. 1 grudnia 1952) była dzieckiem pozamałżeńskim.
Od 1992 przebywała u rodziny córki w chilijskim Santiago, gdzie otrzymała azyl polityczny. W 1999 przegrała proces sądowy z Republiką Federalną Niemiec o utracony w Niemczech majątek. Jako obywatelka Republiki Federalnej Niemiec otrzymywała miesięczną emeryturę. Zmarła w Santiago 6 maja 2016 na raka. 7 maja 2016 roku odbył się jej dyskretny pogrzeb na cmentarzu Memorial Park, a potem według przekazanych informacji przez AFP jej ciało poddano kremacji.
Odznaczenia i nagrody 10 stycznia 1974 Uniwersytet im.