Na przełomie 2005 i 2006 roku łazik badał płytki, zerodowany i częściowo zasypany pyłem krater Erebus. W międzyczasie nad równiną Meridiani przeszła burza piaskowa trwająca trzy dni, którą łazik przetrwał, ale dopiero prawie trzy tygodnie później wiatr oczyścił panele słoneczne na tyle, aby osiągnęły 80% wydajności. Niedługo potem jeden z silników wysięgnika z narzędziami geologicznymi odmówił posłuszeństwa, wskutek silnych wahań temperatury. Problem udało się rozwiązać, jednak od tamtej pory ramię wysięgnika składane było tylko podczas jazdyMars Exploration Rover Mission: Opportunity Updates: 2005.
Krater Victoria Od września 2006 do sierpnia 2008 roku łazik prowadził badania krateru Victoria o średnicy 750 m, największego i najgłębszego z dotychczas napotkanych. W czerwcu 2007 roku na Marsie zaczął się sezon intensywnych burz piaskowych, sprawiając że oba łaziki misji MER uzyskiwały bardzo mało energii z paneli słonecznych. W sierpniu burze piaskowe osłabły i łazik Opportunity był w stanie przesłać nowe zdjęcia, a także podjąć dalszą wędrówkę.